Het museum is toegankelijk voor bezoekers die slecht ter been en/of rolstoel gebonden zijn. In en rondom de tentoonstellingen is er genoeg ruimte om er met een rolstoel langs te lopen. In het museum zijn er faciliteiten voor rolstoelgebruikers, zoals een toilet en een lift.
De werf brengt je mee naar de 17de eeuw. Om dit zo authentiek mogelijk te laten zijn de paden wat onverhard. Bijna alle ambachten zijn te bezichtigen voor bezoekers die slecht ter been en/of rolstoelgebonden zijn. Als rolstoelgebruiker heb je de mogelijkheid om de werf te bezoeken, maar je moet wel rekening houden met de plekken waar het onverhard is. Op de werf bevindt zich ook de zeilzolder. Die kun je alleen bezoeken via je een (steile) trap. De werf beschikt over een invalidetoilet achter de winkel.
Op de werf werken wij soms met luide machines.
De Batavia is alleen met trappen bereikbaar en dus niet te bereiken voor bezoekers die in een rolstoel zitten. De Batavia is een authentieke reconstructie van een 17de eeuws spiegelretourschip, dat zelfs tot in het ruim te verkennen is. Bezoekers die slecht ter been zijn dienen wel rekening te houden met smalle doorgangen en steile trappen. Aan boord is het voor iedereen opletten voor lage onderdoorgangen en voor ringen in het dek.
Begeleiders van gehandicapte personen die niet zelfstandig het museum kunnen bezoeken, krijgen gratis toegang.
Geleidehonden in functie en officieel opgeleide hulphonden zijn toegestaan in Batavialand.
Naast het museum, tegenover de ingang van de werf, zijn twee invalide parkeerplaatsen beschikbaar. Tevens zijn er ook invalide parkeerplaatsen op de parkeerplaatsen van Batavia Stad en in de VOC-parkeergarage.
